Ο Ιονάτανα έγινε πρωθυπουργός στις 27 Απριλίου του 1999 και διαδέχθηκε τον Μπικενιμπέου Παενίου. Στις 5 Σεπτεμβρίου του 2000 η χώρα εισήχθη στον ΟΗΕ[1], κάτι για το οποίο φρόντισε ο Ιονάτανα. Την ίδια χρονιά, στις 8 Δεκεμβρίου του 2000, ο Ιονάτανα πέθανε από καρδιακή προσβολή όντας εν ενεργεία πρωθυπουργός. Αυτό συνέβη για πρώτη φορά στην ιστορία του Τουβαλού, από τότε που το κράτος έγινε ανεξάρτητο. Χρέη πρωθυπουργού άσκησε μέχρι την εκλογή του διαδόχου του Ιονάτανα ο Λαγκιτούπου Τουιλίμου, αντιπρόεδρος της κυβέρνησης. Τον Ιονάτανα διαδέχθηκε στην πρωθυπουργία ο Φαϊμαλάγκα Λούκα.